Dizajn i optimizacija detekcije Sars-CoV-2 virusa LAMP metodom za dijagnostičku upotrebu

Od početka pandemije tragalo se za adekvatnom metodom za detekciju SARS-CoV-2 virusa. Kvantitativni PCR predstavlja „zlatni standard“ u detekciji SARS-CoV-2, međutim iziskuje skupu infrastrukturu, višesatnu analizu zbog čega brza obrada velikog broja uzoraka predstavlja izazov. Cijena Loop-mediated isothermal Amplification (LAMP) metode po testu je znatno niža od ostalih dostupnih molekularnih testova. Stoga se mnogi naučnici okreću ka optimizaciji i modifikaciji RT-LAMP metodologije kako bi jednakom senzitivnošću odgovorili zahtjevima u dijagnostici COVID-19 bolesti. Pogotovo je ovo značajno za laboratorije sa ograničenim resursima u zemljama u razvoju, gdje nekontrolisano i neotkriveno širenje COVID-19 može rezultirati nepredvidivim ishodom. RT-LAMP metoda se zasniva na vrlo jednostavnom protokolu koji podrazumijeva izotermalnu amplifikaciju nukleinskih kiselina uz posebno dizajnirane prajmere. Detekcija rezultata se može vršiti na više načina, a u ovom istraživanju će se koristiti spektrofotometrija kao metoda izbora. Za razliku od trenutno dostupnih molekularnih metoda za detekciju SARS-CoV-2, ova metoda je veoma praktična, brza i instrumentalno neovisna. Kanton Sarajevo se do sada susretao sa tri vala pandemije, koja su se teško stavljala pod kontrolu zbog nemogućnosti pravovremenog testiranja simptomatskih, asimptomatskih pacijenata, kao i osoba koje su bile u kontaktu sa zaraženim pacijentima. Pomoću ove metode, testiranje će biti znatno dostupnije građanima, a rezultati će se dobijati mnogo brže sa jednakom tačnošću.

Ključne riječi: LAMP, SARS-CoV-2, Real-time PCR, spektrofotomerija, RNK, reverzna transkripcija, prajmeri